Hai công ty hoạt động dưới thương hiệu của JAL là: Japan Airlines International (Nhật: 日本航空インターナショナル Nihon Kōkū Intānashonaru?) và Japan Airlines Domestic (Nhật: 日本航空ジャパン Nihon Kōkū Japan?). Japan Airlines Domestic đầu tiên chịu trách nhiệm cho hệ thống rộng lớn của các chuyến bay nội địa Nhật Bản, còn JAL International hoạt động quốc tế và các chuyến bay chủ lực nội địa. Ngày 1/10/2006, Japan Airlines International và Japan Airlines Domestic đã sáp nhập thành một thương hiệu Japan Airlines International. JAL Corporation cũng có bảy hãng nhỏ hơn để thu gom cho hãng mẹ:
JAL có đội tàu bay Boeing 747 nhiều nhất thế giới (khoảng 76, thời điểm tháng 3 2005). Đây là 1 trong 2 hãng hàng không châu Á bay đến Mỹ Latin (Malaysia Airlines bay đến Buenos Aires, JAL bay đến Ciudad de Mexico và São Paulo).
Japan Airlines gia nhập liên minh oneworld ngày 1 tháng 4 năm 2007.
Các trạm trung chuyển chính :
